Het archeologisch onderzoek van Berenike werd in 2011 uitgebreid met een afzonderlijk project, de opgraving van de Serapistempel. Doel van het eerste seizoen was het bepalen van de conditie van de muren en het aantonen van mogelijke aanwezigheid van onverstoorde stratigrafie van vóór de 19e eeuw. Met dit doel werd Noordwestelijke kamer (3) opgegraven en een kleine put tegen de achtermuur van de tempel geopend. Bovendien werden aan de oppervlak zichtbare muren in meer detail in kaart gebracht.
De opgraving van kamer 3
De buitenmuur van de tempel heeft een dikte van ongeveer 80 centimeter en bestaat in de opgegraven noordwesthoek uit steenblokken variërend in lengte van 50 tot 75 centimeter. Het metselwerk van de muren is nogal gevarieerd van samenstelling. Blokken van harde anhydriet met veel kristallen en zachte, snel verwerende gipsblokken wisselen elkaar af. He materiaal is waarschijnlijk afkomstig uit een steengroeve op slechts enkele kilometers afstand van Berenike. Deze steengroeve produceerde steen van zeer wisselende kwaliteit. Door de hoge transportkosten in de Oostelijke woestijn werd noodgedwongen alle steen in deze nabije groeve gewonnen, ongeacht de samenstelling.
De binnenmuren van kamer 3 staan geheel los van de buitenmuur. In de Noordwesthoek zijn L-vormige blokken zichtbaar, ontstaan door het afwerken van het aanvankelijk grof gekapte oppervlak van de steen. Deze procedure is niet ongewoon, maar in combinatie met de losstaande binnenmuren betekent dit wel, dat de buitenmuur eerst geheel opgebouwd is en pas daarna de binnenmuren er tegenaan geplaatst zijn. Het is mogelijk dat de tempel in eerste opzet een simpele schrijn was. De onderste lagen van de binnenmuren bestaan uit vrij kleine stenen, de hogere lagen bevatten ook grote blokken. Dit kan veroorzaakt zijn door een verandering in de transportcapaciteit van het bouwmateriaal, maar kan tegelijk ook betekenen dat er geruime tijd zat tussen verschillende bouwfasen.
Uit de verschillen in erosie van de muren is af te zien leiden in hoeverre de steen aan de
atmosfeer is blootgesteld in de afgelopen eeuwen. Een onderste, minder aangetaste zone geeft aan dat deze kamer waarschijnlijk nooit volledig is opgegraven in de 19e eeuw. Dat verklaart ook waarom een crypte onder deze kamer niet is aan gegeven op de plattegronden van de oude opgravingen. De vloer van deze kamer bestaat nu uit grote, ruw gekapte platen steen, met een geschat gewicht van 500 tot 700 kilo. Dit is niet de oorspronkelijke vloer van deze ruimte; een stenen rand langs de basis van de muur (afb.8A) wijst er op dat oorspronkelijk een vloer van beter afgewerkte steen op de platen steen heeft gelegen. Deze vloer moet uit goede kwaliteit steen hebben bestaan en is waarschijnlijk na het in onbruik raken van de tempel aan het eind van de vierde eeuw verwijderd voor hergebruik elders in de stad.
De toegang tot de crypte onder kamer 3 lijkt later toegevoegd. De bovenkant van de fundering van de Zuidmuur blokkeert deels de toegang, het lijkt er op dat men bij het uitkappen niet op de hoogte was van het feit dat de funderingen breder dan de muren zijn. De twee inkepingen in de westzijde van de toegang moeten scharnieren van het houten luik moeten hebben bevat. Oorspronkelijk is de crypte alleen toegankelijk geweest via een gang, die de crypte verbond met een vergelijkbare ruimte onder kamer 5.
Opgraving bij de achterwand
Uit de opgraving in de kamer 3 bleek al dat Purdy de tempel niet volledig heeft opgegraven, de put BE11-79 tegen de achterwand van de tempel leverde zelfs bewijs voor geheel intacte stratigrafie. Direct onder een dunne laag zand werd de top van een laag muurpuin opgegraven. Iets dieper werd ook de top van de bijbehorende muur aangetroffen. Op een zeker moment is op ruim 25 centimeter afstand van de achterwand een dunne kalkstenen muur opgetrokken, de tussenruimte werd met mortel en koraalblokken opgevuld. Deze toevoeging lijkt een restauratie van de sterk verweerde en beschadigde buitenzijde van de achtermuur te zijn. Mogelijk is deze muur ook gebouwd om reliëfs voor een contra-tempel mogelijk te maken. Boven in het muurpuin werden twee fragmenten van een vrijwel compleet godenbeeldje, in de vorm van een krokodil met een valkenkop, gevonden. Zo hoog in de puinlaag, die hier vrijwel tegen de dakrand van de tempel ligt, kan het beeldje hier terecht gekomen zijn door de opgravingen in de aangrenzende zaal gedurende de 19e eeuw.