Bij zijn korte verblijf in Berenike in 1818 had de (her-)ontdekker van Berenike, Giovanni Batista Belzoni, vooral aandacht besteed aan de tempel. Naast een haastige bij maanlicht uitgevoerde opgraving in één van de kamers, leverde zijn expeditie ook de eerste plattegrond van de tempel op. Acht jaar later maakte John Gardner Wilkinson niet alleen een de eerste plattegrond van Berenike, maar ook de eerste redelijk nauwkeurige tekening van de tempel. In 1873 werd een deel van de tempel opgegraven door Erastus Purdy De resultaten van zijn onderzoek zijn echter nooit gepubliceerd en de aantekeningen van Purdy bleken na zijn dood in 1883 onvindbaar.. Golénisheff publiceerde in 1889 een redelijk gedetailleerde plattegrond, samen met enkele zijaanzichten. In 1922 vond Daressy in het Institute d’Égypte te Cairo een kopie van de plattegrond zoals deze in 1873 moet zijn getekend door Purdy. De meest recente plattegrond werd in 1994 door Hans Barnard en Fred Aldsworth als onderdeel van de survey van de gehele site vervaardigd. De plattegrond in het kader van het huidig onderzoek, gebaseerd op Total Station-metingen, voegt meer details aan deze laatste toe.

Voorlopige reconstructie van het tempelgebouw (2016) 1. toegang, 2. grote zaal (opgegraven 2015/2018), 3. trap naar het dak, 4. zaal (opgegraven 2011), 5. achtermuur, deel opgegraven in 2011.

Hoewel gewoonlijk de bouw van de tempel, aan de hand van de vroegste cartouches, wordt gesitueerd in of kort voor de regering van Tiberius, komt het grondplan meer overeen met aanzienlijk oudere tempels in Egypte. Het bouwwerk waarmee de tempel van Berenike het best vergelijkbaar is, de tempel van Debod, stamt zelfs uit de vroege Ptolemaische tijd. Het is goed denkbaar dat men al kort na de stichting van Berenike in 275 v.C. is begonnen met de bouw van de tempel. De bouw is op een zeker moment gestopt en door het verval van Berenike later in de Ptolemaische tijd niet voortgezet. Pas tijdens de eerste eeuw n.Chr. zou het gebouw dan zijn voltooid en vanaf dat moment van reliëfs en inscripties voorzien.